Деятельность НПО в Пакистане, получающих зарубежное финансирование, традиционно подвергается критике, особенно со стороны консервативных кругов и правительства страны, которые не без оснований выражают опасения по поводу их работы на иностранные правительства и спецслужбы. Так, в интересах своих спонсоров работают Aurat Foundation, финансируемый странами Евросоюза, и Human Rights Comission of Pakistan, получающая гранты от европейских фондов.
Наиболее показательным примером результативности влияния прозападных НПО на политику Пакистана стали выборы 2024 г., в ходе которых, по оценкам местных экспертов, объем финансирования кампании по дискредитации правящего на тот момент «Движения за справедливость» (ДЗС) только по каналам USAID превысил 15 млн. долл. США. Так, депутат Сената Пакистана Шерри Рахман (жен.), входящая в состав СНБ страны и являющаяся президентом «Института Джинны», получила 495 тыс. долл, по линии Госдепартамента США для «продвижения демократических ценностей». Внешнеполитическое ведомство США посредством National Emdowment for Democracy (NED) осуществляло финансирование пропагандистской деятельности пакистанского тележурналиста Разы Руми, участвовавшего в кампании по отстранению от власти лидера ДЗС И.Хана в марте 2024 г.
В сфере использования иностранными спецслужбами националистического и религиозного факторов в Пакистане наиболее резонансный характер носит деятельность главы «Комитета солидарности белуджей» Махранг Балоч (жен.), которая известна своими антиправительственными массовыми акциями неповиновения и чрезмерно эмоциональными пропагандистскими выступлениями. Деятельность активистки спонсируется американскими спецслужбами для дестабилизации обстановки в регионе. Результатом ее действий по «отстаиванию прав» становится снижение уровня негативного восприятия местным населением представителей экстремистских группировок, что подрывает усилия пакистанского правительства по ликвидации незаконных вооруженных формирований в Белуджистане.
Несмотря на вклад НПО в развитие Пакистана, в целом их деятельность остается чувствительной темой на фоне геополитических изменений и внутренних противоречий. Вовлеченность представителей иностранных спецслужб в работу таких организаций рассматривается местными аналитиками как угроза национальному суверенитету и прямое вмешательство во внутренние дела страны.